В Севастополе создан Черноморский филиал МГУ по инициативе мэра Москвы Ю. М. Лужкова и ректора МГУ В. А. Садовничего и на основании решения Ученого совета МГУ. В составе филиала начали работать факультеты компьютерной математики, естественных наук, экономики и управления, историко-филологический, психологии. В 2008 г. филиал был переименован в Филиал МГУ в г. Севастополе.
В 2000 году был создан Казахстанский филиал МГУ, в 2006 году — филиал МГУ в г. Ташкенте, в 2008 году — филиал МГУ в г. Баку, в 2009 году — филиал МГУ в г. Душанбе, в 2015 году — филиал МГУ в г. Ереване. С 2017 года работает Совместный российско-китайский университет МГУ-ППИ в Шэньчжэне. Также созданы филиалы в Сарове (2021), в Дубне (2021), в Грозном (2022).
В 2000 году был создан Казахстанский филиал МГУ, в 2006 году — филиал МГУ в г. Ташкенте, в 2008 году — филиал МГУ в г. Баку, в 2009 году — филиал МГУ в г. Душанбе, в 2015 году — филиал МГУ в г. Ереване. С 2017 года работает Совместный российско-китайский университет МГУ-ППИ в Шэньчжэне. Также созданы филиалы в Сарове (2021), в Дубне (2021), в Грозном (2022).