Началась Великая Отечественная война. В МГУ на факультетах, в институтах прошли митинги и собрания в связи с начавшейся войной. 22 июня в Коммунистической аудитории собрались комсомольцы университета. Коммунисты и комсомольцы объявили себя мобилизованными для выполнения любого задания Родины. На общеуниверситетском собрании рабочих и служащих 23 июня ректор А. С. Бутягин заявил «от имени людей науки, профессоров и преподавателей университета, что мы отдадим сейчас все наши силы и знания на практические нужды сегодняшнего дня». Были перестроены учебная и научно-исследовательская работа «согласно спецуказаниям и по мобкалендарю». С 1 июля срок обучения вузов был сокращен до 3 лет. В первые дни войны добровольцами стали около 2000 студентов и сотрудников МГУ. Еще 3000 человек были мобилизованы на строительство оборонительных рубежей (первая группа под руководством студента истфака М. Я. Гефтера выехала 1 июля). 500 студенток исторического, химического и физического факультетов в октябре выехали на уборку сена в Рязанскую область.